Half-Life представила миру молодого очкарика-физика, обладателя докторской степени, Гордона Фримана. Простой ассистент исследовательского центра Black Mesa оказывается в центре космической войны, начавшейся из-за неудачного научного эксперимента с телепортацией. Инопланетные создания из далёких чужеродных мест прорываются сквозь пробитый пространственный барьер и начинают бойню в Black Mesa. Но это только начало перед кошмаром, который ожидает Землю.

Правительственные силы быстро прибывают с целью ликвидировать инопланетную угрозу. К сожалению, они методично уничтожают и всех свидетелей происшедшего. Благодаря экспериментальному защитному костюму, у Гордона есть шанс выжить в этой путанице из монстров, персонала и смертоносных десантников. В конце-концов, он достигает и уничтожает то, что является источником вторжения монстров.

Однако победа оказалась недолгой. Героизм Гордона привлекает внимание зловещего межпространственного бюрократа, называемого G-Man, который помещает Гордона в стазис далеко от Земли, сознания и времени вообще.

Гордон возникает из ниоткуда, примерно два десятилетия спустя. G-Мan пробуждает его, но намерения Человека с Чемоданом остаются неизвестными. Гордон возвращён на Землю, однако эта Земля искажена до неузнаваемости инопланетными завоевателями, известными как Альянс. Гордон становится беспомощным и безликим гражданином City 17 - мрачного метрополиса, находящегося в том месте, которое ещё недавно было Европой.

Волей судьбы, а может из-за ловкого вмешательства G-Man, он вскоре становится центральной фигурой растущего движения Сопротивления, возглавляемого восставшими учеными из Black Mesa - доктором Айзеком Кляйнером и Илаем Вэнсом. И что самое главное - Гордон снова в своем защитном костюме.

С помощью дочери Вэнса, Аликс, и её огромного домашнего робота, Пса, Гордон отправляется в путешествие, во время которого он сталкивается с боевыми машинами Альянса, страшными инопланетянами и модифицированными людьми, исполняющими волю захватчиков. Ему удается поднять повстанцев на открытую войну с угнетателями, но он становится узником огромной крепости Альянса, называемой Цитаделью. Здесь учёный встречает ставленника Альянса, предателя человечества, доктора Уолесса Брина. Гордон бежит и, при поддержке Аликс, ставит точку на предательстве Брина, уничтожая телепортационный реактор Цитадели.

Взрывная волна накрывает Аликс и Гордона, но вдруг появляется G-Man, удовлетворенный достижением своих непостижимых целей, и снова бросает свою пешку - Гордона на полку холодной бессрочной камеры хранения.